「在逐漸沉沒的世界,我找到了你。」
在近未來,不明原因的海平面上升導致大面積地表被海水淹沒。
幼時因意外事故失去了一條腿的少年斑鳩夏生厭倦了城市生活,遷居到了海邊的鄉村小鎮。
他無親無故,留給他的只有曾屬於海洋地質學家的祖母的船和潛水艇,以及債款。
夏生爲了取回自己「失去的未來」,潛入大海尋找據說沉睡著祖母遺產的海底倉庫。
他在那裡找到的,是沉睡在棺材狀裝置中的神祕少女——亞托莉。
她是幾乎與人類無異的,精巧且感情豐富的機器人。
從海底被打撈上來的亞托莉說道。
「我想完成主人留下的最後一道命令。在那之前,我來做夏生的腳!」
在逐漸沉入海中的安寧小鎮,少年與機器人少女難以忘懷的夏天開始了——