獅子亞歷克斯他們在馬達加斯加的快樂故事仍在繼續。而另一邊廂,那四隻調皮搗蛋的企鵝:沉著冷靜的老大(Tom McGrath 配音)、腦瓜機靈的技術狂卡哇伊(Jeff Bennett 配音)、單純而超夢的菜鳥(James Patrick Stuart 配音)以及瘋狂危險的涼快(John DiMaggio 配音)卻回到了紐約動物園。雖然平時被關在籠中,但這根本難不住技能互補的企鵝四兄弟,在繁華的國際大都會,他們還是可以讓演一場又一場令人咋舌又拍案叫絕的大冒險。此外,超級自戀狂狐猴朱利安國王14世和大毛也告別老家,攜手到陌生的美國闖天下。動物、人類,原始、文明,彼此間發生激烈碰撞,有趣的故事接連上演……
本片爲動畫電影《馬達加斯加》的衍生劇。