鄉下的14歲少女艾麗卡,爲了成爲傳說中的「乙HiME」,不遠萬里來到繁華的大都市,想要在風華王國的加爾德羅貝學院學習。
所謂「乙HiME「,是王權貴族們爲了保護自己所招募的,通過建立契約而使用超能力的少女們的通稱。這是每個少女都夢想的職業,艾麗卡也不例外。但加爾德羅貝學院的入學條件十分苛刻,艾麗卡對此無能爲力。正當艾麗卡一籌莫展之際,她竟遇到被士兵追捕的風華王國公主真白公主!原來,真白厭倦王室無聊的生活,逃離了王宮。二人逃離追兵後,突然遭遇了奇怪生物的襲擊,加爾德羅貝學院的預備生尼娜•王與學院中的乙HiME開始了公主營救行動。
不平凡的開端,艾麗卡通向乙HiME的道路,到底如何是好?