《遊戲王-怪獸之決鬥》改編自漫畫《遊戲王》,於2000-2004年之間在東京電視台播出。故事以漫畫劇情爲主,但因爲中途漫畫故事情節進度跟不上,故加插大量漫畫沒有的劇情和人物。此舉爲脫離「原作」獨立創作故事奠定下基礎。
決鬥者王國篇
一卷神祕的錄像帶,千年神器中千年眼的擁有者,貝卡斯·J·克羅佛多在錄像帶中使用黑暗決鬥向武藤遊戲挑戰,但武藤遊戲卻因爲時間終止而敗北,武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的力量封印在靈魂封印卡中(漫畫版爲貝卡斯寄給遊戲的錄像帶),武藤遊戲爲了救回靈魂被囚禁的爺爺,與夥伴們前往決鬥者王國找貝卡斯決鬥,與互信的夥伴們以及心中的另一個自己並肩作戰。
戰鬥城市前篇
決鬥者王國一戰結束,武藤遊戲的知名度瞬間上升,神祕的埃及石板來到日本展覽,牽扯出千年神器的祕密、三千年前的戰鬥、三張神之卡,還有隱藏在千年積木中的無名法老王的記憶,海馬瀨人在一個機緣下得到了神之卡的其中一張:歐貝利斯克的巨神兵,而他爲了得到剩餘的二張神之卡,在童實野市舉辦了戰鬥城市大賽,並且以賭牌當作規則,同時新的次世代決鬥盤也跟著亮相,而武藤遊戲爲了尋找心中的另一個自己的記憶,也就是無名法老王的記憶,必須搜集三張神之卡,也參加了這場大賽,各路好手爲了搜集六張拼圖卡,得到最後的參賽權,紛紛展開決鬥;神祕的古魯斯集團派出的蕾雅卡獵人也參雜其中。
乃亞篇(動畫原創)
戰鬥飛行船行駛人工島的途中,飛行船系統卻遭受到外來的入侵改寫了系統,因而改變了航線,阻擋在武藤遊戲等人面前的這個巨大機動要塞究竟是什麼?而又出現了神祕的人,自稱是「五巨頭」,他們還要武藤遊戲等人的身體,一場賭上各人性命的決鬥,而他們又發現五大老的頭,叫乃亞的小孩,卻是剛三郎(海馬的養父)的兒子!!一場大戰即將展開。
戰鬥城市後篇
戰鬥城市最終決戰開始,每個決鬥者都各自有戰鬥的理由,城之內爲了成爲真正的決鬥者、救出被馬利克進行黑暗遊戲懲罰的孔雀舞,海馬爲了與宿敵遊戲決鬥、爲了剷除可惡的古魯斯首腦並得到太陽神、爲了完成海馬樂園的夢想,遊戲爲了實現與城之內的諾言、與海馬宿命的對決、救出被暗馬利克施予黑暗遊戲懲罰的人們、更爲了自己遺失的記憶,他向馬利克宣戰。
多瑪篇(動畫原創)
戰鬥城市結束後,武藤遊戲遭受到了不知名力量的阻擋,而三張神之卡也被名爲多瑪三劍客的人搶走,這個神祕的多瑪組織搶走神之卡的目的究竟是什麼,神祕的卡片——「奧利哈剛的結界」擁有的黑暗能量,又會帶給使用這張卡片的人什麼樣的改變;黑魔導女孩從精靈的世界降臨,向武藤遊戲請求援助,人類世界與精靈世界的命運會如何, ...