生於大海,守護大海,去往大海——
那就是藍色人魚!
憧憬著守護海洋安全的職業「藍色人魚」進入橫須賀女子海洋學校的岬明乃,被任命爲航洋艦「晴風」的艦長,和同班的成員一同參加海洋實習。
本應是驅動艦船前往目的地的安全航海,但等待著她們的卻是接連不斷的危機。來自教員艦突然的發炮、與失控的其他學生艦的戰鬥、救難船的救護活動等等,她們歷經千辛萬苦地跨越了這種種困難,終於平安返回陸地,成員之間也由此結下了牢固的牽絆。
騷動後過了1個月,正在享受考試假期的晴風成員遭遇了新的危機——晴風班將面臨解體。晴風成員在大爲動搖的同時,再度團結一致,最終阻止了班級的解體,更進一步加深了牽絆。
之後,晴風解體危機之後3個月——
在橫須賀舉辦了包括吳、舞鶴、佐世保在內的全體女子海洋學校學生齊聚一堂、開展文化祭與體育祭的「競鬥遊戲會」,明乃等晴風班成員也爲了準備歡迎祭而忙成一團。
大和、信濃、紀伊等超大型艦的班級也都前來集會,就在各種各樣的演出與競技正火熱的時候,新的「危機」正向她們逼近……!