二十世紀最後的夏天。那一天,人類終於知道自己並非地球這顆行星唯一的統治者。
巨型生物「怪獸」,以及驅逐怪獸的終極存在「哥斯拉」出現了。經歷與怪獸之間長達半個世紀的戰爭,人類屢戰屢敗,最終計劃逃出地球。2048年,經過中央政府管理的人工智慧篩選,一部分人類乘坐跨恆星移民飛船「阿拉特拉姆」號踏上了前往11.9光年之外的「鯨魚座τ星e」的旅程。然而,人類花費20年所抵達的星球與地球之間的環境差距遠超預期,不適宜人類生存。
移民飛船上有一名青年——晴雄。4歲的時候,他親眼目睹父母被哥斯拉殺害。20年來他始終想著回到地球消滅哥斯拉。移民的可能性已經灰飛煙滅,飛船內的生存環境也越發惡劣,以晴雄爲中心的「重返地球派」成爲主流,他們決定經過危險的長距離亞空間航行返回地球。
然而,地球經過2萬年的演化已經形成了以哥斯拉爲頂端的生態體系,完全成爲了一個未知世界。
最終人類能否奪回地球?晴雄的命運又將如何?