小智(松本莉香 配音)來自真新鎮,他的目標是要成爲神奇寶貝頂級訓練師。在即將展開訓練師旅程的一天,因爲遲到,他並沒有拿到初始的小精靈。大木博士(石冢運昇 配音)見狀,便送了一隻不願進精靈球和非常調皮的皮卡丘給這位失落的年輕人。於是,他們倆便踏上了精靈寶可夢的旅程。
在旅途中,他們的之間的隔閡逐漸打破,並認識了同行的夥伴誠子(佐藤刊里 配音)與宗次(本鄉奏多 配音),並聽到了有關鳳王的傳說。「受到虹色之羽的引導,見到鳳王的人,就會成爲彩虹勇士...」
本部劇場版是《神奇寶貝》動畫系列的第二十部電影。該部電影的劇情是系列動畫第一集《神奇寶貝!就決定是你了!》的改編,描述小智與皮卡丘踏上成爲寶可夢大師的冒險之旅。