在公元2015年,一個魔術尚存的最後時代之中。人理繼續保障機關「Chaldea」,透過近未來觀測鏡「Sheba」突然發現人類即將在接下來的2016年中毀滅。爲了針對異象及時空特異典進行解析及干涉,他們利用被統稱爲「Grand Order」的禁忌儀式,將術師靈子化之後送回過去,只爲阻止人類歷史就此中斷。
被扭曲的冬木聖杯戰爭,Saber(阿爾托利亞·潘德拉貢)黑化並殺掉Caster以外的所有從者順道滅了整個冬木後在大空洞等待Caster的來臨。這次戰爭的Caster爲庫·丘林,他個人表示如果職階是Lancer就能秒殺黑Saber,因爲主角,瑪修和奧爾嘉瑪麗的介入,成功停止了這場瘋狂的聖杯戰爭,但Saber和Caster雙雙消失意味著這場戰爭沒有人獲得聖杯。關卡最後消滅了奧爾嘉瑪麗靈魂的雷夫加上這次戰爭的Saber也認識Grand Order,到底是…?