或許過去,又或許未來,人類大規模向宇宙殖民。當人口膨脹到五千億的時候,散落在宇宙各個角落的人類返回故土地球,卻引發了傷亡慘重的歸鄉戰爭。爲了保護地球這片聖地,人類制定了蓋亞制裁,約定不許任何人染指這裡。可是曾經作爲聯合艦隊艦長的哈洛克(小栗旬 配音)卻背叛蓋亞制裁,駕駛著他的阿爾卡迪亞號高舉叛旗,成爲逃逸一百年之久的通緝犯。聯合艦隊長官伊索拉(森川智之 配音)指使自己的弟弟亞馬(三浦春馬 配音)混入阿爾卡迪亞號,探尋尼伯龍根人發明的永動機的祕密。在此期間,哈洛克率領船員向地球挺近,而聯合艦隊則在太陽系布下天羅地網阻擋他的步伐。遙遠的故土,失落已久的真相,令所有人爲之震驚……
本片根據松本零士的經典科幻漫畫改編。