某天，小新（矢島晶子 配音）閒逛的時候撿到一個動感超人的面具，戴上面具後，小新發現自己竟然能和動感超人通話。他被任命爲代表正義的動感間諜，專門與邪惡勢力作戰，並且見到了他的搭檔——7歲女孩蘇諾萌·檸檬（愛河里花子 配音）。在檸檬的帶領下，小新開始作爲動感間諜的艱苦訓練。在這一過程中，面向兇惡的怪大叔不斷偷襲小新，而在這一系列事件背後，似乎又隱藏著兩個神祕的國家——無聲屁共和國與不放屁王國。看似善良的檸檬也變得正邪難辨。不久，小新更和檸檬闖入了困難重重的不放屁王國……
本片根據臼井義人的同名原著改編，是《蠟筆小新》系列第19部劇場版。