某日，野原新之助（矢島晶子 配音）正在公園裡和風間（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉緒 配音）等朋友們玩耍，意外遇見了一位名爲金有久美子（釘宮理惠 配音）的神祕女子，久美子告訴小新，自己來自於遙遠的未來世界，而彼時已經長大成人的新之助，正是自己的未婚夫。
跟隨著久美子，小新一行人來到了未來，在那裡，金友電機的社長，亦是久美子的父親金有增藏手握大權，並且綁架了一直和自己作對的新之助。得知小新的到來會阻礙自己的計劃，增藏派出了刺客，在強大的敵人面前，小新能否順利救出新之助，並且幫助面前這個陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢？