延續前一集的劇情,獅子亞歷克斯(本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑馬馬蒂(克里斯·洛克 Chris Rock 配音)、長頸鹿邁爾曼(大衛·休默 David Schwimmer 配音)、河馬格洛里亞(賈達·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鵝們,爲了能離開馬達加斯加島回到五光十色的紐約,對一架破舊的失事飛機進行維修改造,並成功起飛。當大家已經開始慶祝終於可以回到紐約時,飛機卻意外降落,迫降到了非洲大草原上。在這兒,獅子亞歷克斯終於見到了它的父母。但是由於生活習性上太多不一樣,而且言行舉止各異,使得這羣紐約來的動物們顯得格格不入。這羣昔日紐約中央公園的動物明星們,在這野外艱難的環境中應該怎麼辦?雖然在這兒遇見了自己的同類,但因爲習性不同,使得自己無法完全融入他們的羣體。爲了能融入環境,與同類們建立良好的關係,大家都是施展各種招式,笑料百出。