21世紀初,日本生物科技高度發達,其所研製並獨家壟斷的生物機器人極大推進了時代的進步,但同時其潛在的危害性也不斷受到世界各國的指摘。不滿於其他國家對該技術限制的呼聲,日本於2067年單方面退出聯合國,用高科技手段屏蔽一切外來信號,再次進入鎖國狀態。
此後整整10年間,關於日本的現狀外界一無所知。美國政府急於了解日本當前的狀況,雖派出特種部隊SWORD祕密潛入這個已經封閉了十個年頭的神祕國家。當特種隊員VEXILLE(黒木メイサ 音)和里昂(谷原章介 飾)進入日本後,眼前的一切卻令他們大吃一驚……