愚蠢的人類被貪婪所驅使,按下了那枚摧毀文明的按鈕。浩劫過後,人類世界退回到暴力血腥的原始階段,而在這混亂的世道中,拉奧所統領的拳王軍所向披靡。當初,拉奧作爲大師兄,曾和健四郎一同學習北斗神拳。這個有著1800年歷史的暗殺拳法,始終奉行著唯一繼承人的準則。拉奧雖然實力雄厚,卻始終缺乏健四郎的悲憫之心。當後者成爲北斗神拳的繼承人化身爲救世主時,拉奧轉而走上更爲黑暗的道路。當拳王軍的鐵蹄已經統治這個國家之時,南斗自由軍揭竿而起,並邀請健四郎一同對抗他的宿敵——拳王拉奧……
本片根據原哲夫、武論尊的經典漫畫原著《北斗神拳(北斗の拳)》,是《真救世主傳說 北斗神拳》的第三部。