分隔在兩個世界的愛力克兄弟二人,使用各自的手段嘗試著兄弟再會。
哥哥愛德華穿過「門」來到真實世界。公元1923年的德國慕尼黑,一場世界大戰即將到來。無法在這個世界使用鍊金術的愛德華,與長相酷似弟弟的青年愛爾凡斯一起研究火箭的科技,希望藉助火箭回到原來的世界。另一邊的鍊金術世界,弟弟阿爾馮斯修行鍊金術,打扮宛若曾經的愛德華,與國家鍊金術士們一起尋找找回哥哥的方法。
而暗地中,慕尼黑的一個神祕組織開始了尋找理想國「香巴拉」的儀式,連接鍊金術世界與現實世界的「門」被打開了。
兄弟二人的命運與兩個世界的危機交織在一起,愛力克兄弟要面對前所未有的挑戰。