健太自幼立志成爲一名神奇寶貝訓練家，帶著火暴獸，他從若葉鎮出發，踏上了冒險的旅途。在神奇寶貝中心，健太遇見了曾經青梅竹馬的玩伴瑪麗娜，兩人結伴而行。貪婪的火箭隊想要得到自由自在生活在森林裡的野生電氣系神奇寶貝，他們設計了一種特殊的捕捉裝置，能夠將電氣系神奇寶貝發出的電流無效化，有此神器在手，神奇寶貝們的災難降臨了。
就在事態的發展即將失去控制之時，傳說中電氣系神奇寶貝的守護神雷公獻出了真身，然而就連強大的雷公也不敵火箭隊的武器，事態的發展即將失去控制。就在此時，健太和瑪麗娜挺身而出同火箭隊展開了對抗。