小智(松本梨香 配音)一行人在海上遇見了危險的風暴,流落到了橘子羣島中的亞西亞島上,這裡即將舉行熱鬧的大型慶典,而小智在意外之中遇見了慶典的聖女弗盧拉(平松晶子 配音)。弗盧拉選中了小智作爲慶典的「指揮者」,他的任務是前往三聖島,找到隱藏在島上的玻璃球。只有集齊三顆玻璃球,才能夠正式開啓慶典。
就這樣,小智和夥伴們踏上了尋找玻璃球的旅途,哪知道不僅遇到了前來搗亂的火箭隊,還遭到了閃電鳥的襲擊。就在千鈞一髮之際,吉爾露現身捕捉了閃電鳥,之後又企圖捕捉急凍鳥,吉爾露的最終目的,是召喚出傳說中的神獸洛奇亞。讓吉爾露沒有想到的是,火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥之前竟然開始了激烈的戰鬥。