世間人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，緊接著的……是離別
刺耳的警報聲驟然響起，通過無線電傳入每個人的耳中。八號殖民地「白雪公主」正遭到突如其來的襲擊，防禦力量正被迅速瓦解。與此同時，「白雪公主」內部突然出現幾個頭帶斗笠象僧侶一樣的人開始追殺研究員……當入侵的機器人突入「白雪公主」的時候，裡面已經血流成河。那些僧侶們留下一句「你來遲了一步，復仇者，你還未夠道行啊」，就神祕的消失了。
接到求救的聯合宇宙軍戰艦迅速趕到，但是「白雪公主」各處已經開始發生爆炸。入侵的機器人留下的唯一蹤跡是玻色子跳躍前的模糊影響，而這種跳躍應該是比它大幾十倍的大型戰艦才能做到了，幽靈機器人的說法因此不徑而走。
因爲四個殖民地連續發生爆炸，地球統合軍成立意外調查委員會負責調查次事，但他們不信有關機器人玻色子跳躍的事情，還把宇宙軍排除在外。爲此聯合宇宙軍自行展開調查，計劃從玻色子跳躍系統入手，這就牽涉到葫蘆計劃。葫蘆計劃是在人類活動頻繁的宇宙區域內的一些殖民地之間建立玻色子跳躍通道，這樣擁有次元歪曲防壁可以經受跳躍衝擊的戰艦就可以通過鬱金香方便的來往於各地。按照計劃，星野琉璃少校任艦長的機動戰艦NADESICO·B奉命出發前往葫蘆計劃的中樞——殖民地「天照」。
在殖民地「天照」，琉璃受到當地指揮官的故意怠慢，於是她將計就計，表面上接受殖民地安排的所謂「檢查」，暗地裡利用NADESICO·B里的超級電腦「思兼」侵入「天照」的電腦系統，結果不僅發現有葫蘆計劃正式設計圖上沒有的玻色子跳躍通道，還發現大量非正式的玻色子跳躍的人體實驗記錄。
正在這個時候，「天照」內的電腦系統出現反常現象，電子屏幕上充滿了OTIKA的字樣，無法正常工作。「OTIKA反過來就是AKITO，也就是明人」，突然想到這點的琉璃似乎預感到什麼，「那是暗號，還是巧合？但是那個人……明人和由利加已經死了呀。」
入侵者終於出現了，在玻色子的燦爛光芒中。連NADESICO也無法識別的入侵機器人雖然只有十來米長，但是激動性和威力卻非常強大。這時琉璃果斷地命令NADESICO進入戰備狀態但不參與「天照」的保衛戰鬥，而是靜觀其變。另一方面，天照出動的是涼子帶隊的愛特巴里斯隊，入侵者似乎抵擋不住迎擊而想要撤退，可是誰知這是調虎離山之計。當愛特巴里斯隊被引到殖民地外圈的時候，一艘不明戰艦突然通過時空跳躍出現，用重力波炮攻擊使殖民地警衛隊損毀嚴重，入侵機器人也乘亂進入了殖民地內部。
「你認識的天河明人已經死了，我想你收下他曾生存的證據」星野琉璃，被稱爲「電子的妖精」的女孩，NADESICO·B的艦長琉璃+超級電腦思兼+NADESICO·C= 無敵
最後的決鬥就在眼前， ...